Існує три теорії заснування Кам‘янця-Подільського: Литовська, Давньоруська та Римська, відповідно до періоду. Саме визначення дати заснування міста (в межах однієї з теорій) було метою археологічних розкопок, які проводились на території Замку з 2008 року співробітниками музею та Інституту Археології НАН України. Проект фінансувався Хмельницькою ОДА та самим музеєм. У розкопках були також задіяні студенти історичного факультету Національного Університету ім. Івана Огієнка та учні школи при Малої Академії наук.

Археологи працювали в районі Північного Бастіону, побудованого у 1791 р. для захисту фортеці з боку Польських Фільварок. Результатом роботи стали дані по історичному плануванню фортеці, реорганізації, зміни її фортифікацій. Зокрема, було визначено, що на території фортеці одночасно існувало та функціонувало дві сакральні споруди – католицький та православний храми. За час розкопок (вересень-жовтень 2008 та червень 2010) було віднайдено велику кількість історично значущих артефактів, близько 3 000 з яких було занесено в інвентаризаційну книгу розкопок. Так, велика кількість артефактів, що збереглися в задовільному стані відносяться до періоду 14-16 ст. Більша частина з цього – частини кераміки, але є монети та частини зброї. На конференції були представлені також предмети трипільської культури у відносно великій кількості.

Виногородська Л.І., КІН, старший науковий співробітник Інституту Археології НАН України зазначила, що під час розкопок, на території фортеці, було знайдено шар матеріалів, які відносяться до давньоруського періоду ХІІ ст. Це означає майже повне спростування Литовської (від 14-го ст.) теорії походження Кам‘янець-Подільської фортеці, а також дає ґрунтовну підтримку Давньоруській теорії.

Крім того, всі виступаючі висловлювали сподівання на організацію постійно діючої археологічної експедиції на території Замку та Старого Міста, оскільки ці землі зберігають у собі ще чимало таємниць.